Os pareceres emitidos pelas unidades de auditoria interna (AUDINS) das Instituições Federais de Ensino Superior (IFES) desempenham um papel fundamental na promoção da governança pública, garantindo maior transparência, accountability eeficiência na gestão dos recursos institucionais. Os pareceres emitidos por essas unidades não apenas subsidiam o processo de deliberação dos conselhos universitários sobre a prestação de contas, mas também fornecem insumos fundamentais para os órgãos de controle externo e a sociedade. A negativa de opinião nesses pareceres pode indicar fragilidades estruturais e operacionais na governança das IFES, comprometendo a confiabilidade do processo de elaboração das demonstrações contábeis e financeiras. Adotando uma abordagem qualitativa edescritiva, a pesquisa utilizou procedimentos de análise documental e entrevistas semiestruturadas realizadas com chefes das AUDINS das IFES de Minas Gerais. Os resultados indicam que a frequente emissão de pareceres com negativa de opinião está associada a diversos fatores, tais como insuficiência de corpo técnico especializado na área contábil, deficiências no planejamento das atividades de auditoria, lacunas nos controles internos das instituições auditadas e a ausência de metodologias eficazes para avaliação do processo de elaboração dasdemonstrações contábeis. Ademais, identificou-se que a compreensão sobre os requisitos normativos e a padronização dos procedimentos de auditoria apresentam desafios significativos para as AUDINS. Observou-se, ainda, que a fragilidade daInstrução Normativa nº 05/2021, por ser considerada genérica e não fornecer informações necessárias detalhadas, contribui para a insegurança dos auditores no momento da emissão de pareceres. A pesquisa contribui para a literatura ao destacar as dificuldades enfrentadas pelas auditorias internas no cumprimento de sua função de controle e recomenda a implementação de iniciativas voltadas à capacitação contínua dos auditores, aprimoramento dos fluxos de trabalho, alocação adequada de recursos e revisão das normativas aplicáveis, visando à melhoria da qualidade dos pareceres emitidos.