A Teoria das Organizações reconhece historicamente desalinhamentos entre expectativas e resultados nas interações organizacionais, porém tende a tratá-los sob vocabulários e unidades analíticas específicas, o que limita a comparabilidade estrutural entre contextos e níveis de análise. Este estudo propõe a Modelagem Organizacional por Distâncias Relacionais (MODR) como uma ontologia relacional mínima destinada a formalizar tais desalinhamentos sob uma arquitetura conceitual comum. O modelo define distância relacional como o desalinhamento entre expectativa e percepção em interações entre polos organizacionais e introduz uma variável relacional mínima, formalizável e normalizada, capaz de operar simultaneamente como unidade analítica e operador transversal de comparabilidade entre relações heterogêneas. Metodologicamente, o estudo adota abordagem teórico-conceitual baseada em revisão crítica da literatura organizacional, seguida de modelagem conceitual formal. A MODR preserva continuidade multiescalar ao aplicar o mesmo formalismo em diferentes níveis de agregação, permitindo compor medidas de interações em atores e destes em estruturas organizacionais mais amplas, viabilizando a representação sistêmica de organizações como redes de relações. Diferentemente de abordagens que tratam “distância” como diferença cognitiva, contratual ou posicional, o modelo explicita um operador relacional baseado em expectativa–percepção capaz de tornar comparáveis tensões estruturais frequentemente diluídas em métricas de resultado agregado. A formalização permite decompor o desalinhamento em componentes funcional e empático e distinguir aderência relacional (coerência relacional) do nível absoluto de entrega (qualidade percebida). A operacionalidade analítica do modelo é ilustrada por simulação teórica aplicada a uma instituição de ensino superior.