Studie analyzuje roli interdisciplinárního (IDR) a transdisciplinárního výzkumu (TDR) v kontextu podpory aplikovaného výzkumu a inovací v České republice. Nabízí konceptuální vymezení rozdílů mezi disciplinaritou, multidisciplinaritou, interdisciplinaritou a transdisciplinaritou, přičemž důraz klade na míru integrace poznání a zapojení neakademických aktérů. Součástí práce je komparativní analýza zahraničních modelů podpory IDR/TDR a identifikace nástrojů, které zvyšují kvalitu integrace – včetně přípravných grantů, dvoufázového hodnocení či explicitního posuzování kvality spolupráce. Empirická část vychází z diskuse s českými výzkumníky a hodnotiteli a identifikuje strukturální a institucionální bariéry víceoborové spolupráce. Studie byla zpracována jako analytický podklad pro rozvoj podpory interdisciplinarity a transdisciplinarity v rámci programu SIGMA a formuluje konkrétní doporučení pro nastavení hodnoticích mechanismů a podpůrných nástrojů.