Los suelos son un recursos valiosos y limitados, y su importancia radica en que son esenciales para el mantenimiento de la biosfera y la regulación del clima. Realizan importantes funciones como sustentos de las producciones agrícolas y ganaderas o almacenamientos de carbono. La zona de CEDEGE en el Cantón Babahoyo ha experimentado un proceso de erosión del suelo en áreas agrícolas, lo que podría tener impactos significativos en las propiedades biológicas de dichos suelos. El objetivo principal del trabajo de investigación es determinar el microbioma de suelos agrícolas erosionados en la zona CEDEGE, cantón Babahoyo. Para el desarrollo del trabajo investigativo han sido determinadas un conjunto de variables que lograrán establecer el efecto que tiene la erosión sobre las poblaciones de microorganismo de suelos en la zona de estudio. Para el proceso de toma de muestras se establecerán 30 predios agrícolas dentro de la zona del Proyecto CEDEGE-Babahoyo, estos deberán tener como requisito primordial la siembra de cultivos de ciclo corto. Las variables evaluadas fueron: Microbiota (identificación de la diversidad de hongos y bacterias mediante cultivos en cajas Petri) y Cálculo de la abundancia de bacterias y hongos. La cuantificación de microrganismos como: bacterias, hongos, actinomiceto, celulolíticos-levaduras, fijadores de nitrógeno (FBN) y solubizadores de fósforo (SF), se presentó en todas las fincas muestreadas en mayor o menor medida. Los géneros de hongos encontrados en las muestras de los suelos compactados fueron Phythoptora y Phytium, en los géneros de bacterias reportados fueron Pseudomonas y Bacillus.