En la actualidad, la tecnología ha incrementado considerablemente la generación global de información digital. En el ámbito de la salud, esta información corresponde a expedientes médicos, los cuales son de carácter confidencial y deben resguardarse de manera segura, permitiendo su acceso únicamente al personal autorizado. Su volumen, complejidad y sensibilidad plantean desafíos técnicos, éticos y legales. De esta manera, el objetivo de este artículo es ofrecer una visión general de los principales retos que surgen en la organización y administración de grandes conjuntos de datos en el ámbito biomédico. Para ello, la metodología se fundamentó en el desarrollo de una solución de almacenamiento de información digital biomédica llamada Biobanco de la Alcaldía Iztapalapa. Esta plataforma se concibe como un modelo integral, confiable y sostenible para la gestión responsable de información poblacional destinada a la investigación y al desarrollo científico. Como resultado, se realizó la implementación de un modelo de gestión que prioriza la protección ética de la información, asegura su calidad científica y establece protocolos para un uso responsable. Este marco garantiza la privacidad de los pacientes y permite emplear los datos de forma segura para identificar riesgos sanitarios en la población.