Os alimentos funcionais, definidos por suas propriedades nutricionais e bioativas capazes de promover benefícios à saúde além da nutrição básica, vêm ganhando destaque no cenário científico e econômico contemporâneo. No entanto, nas comunidades tradicionais brasileiras indígenas, quilombolas, ribeirinhas e sertanejas, a noção de funcionalidade alimentar está intrinsecamente vinculada a práticas culturais, saberes locais e ao uso ancestral da biodiversidade. Este artigo problematiza a invisibilização desses saberes tradicionais frente à hegemonia da ciência nutricional e do mercado de alimentos industrializados. O objetivo central é analisar criticamente como os alimentos funcionais se manifestam e são compreendidos nas comunidades tradicionais, buscando identificar potenciais intersecções entre o conhecimento popular e o conhecimento científico. O estudo utiliza uma metodologia de revisão de literatura integrativa e sistemática, com base em 30 artigos nacionais e internacionais, publicados entre 2015 e 2025, que abordam alimentos funcionais, plantas alimentícias não convencionais (PANCs), etnobotânica e segurança alimentar. Os resultados evidenciam que plantas nativas, como as PANCs e frutas amazônicas, apresentam elevado potencial funcional e medicinal, mas são frequentemente subvalorizadas pelas políticas públicas e pelo setor agroalimentar. Além disso, observou-se que o conhecimento tradicional contribui para a conservação da biodiversidade e a soberania alimentar. Conclui-se que a integração entre ciência e tradição é essencial para promover modelos alimentares sustentáveis e culturalmente enraizados no Brasil.