El objetivo principal de este artículo es proponer un Modelo de espiral sistémico, como una herramienta para dinamizar el ecosistema de emprendimiento rural (EER), partiendo de la epistemología compleja y la transdisciplinariedad, diseñado para dinamizar y potenciar las regiones rurales, basado en los municipios de Tabio y Tenjo, en Cundinamarca, Colombia. La metodología empleada para el diagnóstico fue de enfoque mixto, exploratorio y descriptivo, e incluyó dos fases: La aplicación de encuestas a 228 emprendedores rurales y la realización de entrevistas a expertos temáticos. Los resultados de la investigación revelaron problemas estructurales en el ecosistema de emprendimiento rural, destacando una baja asociatividad ya que el 95% de los emprendedores no está asociado, una marcada desconfianza y una crítica falta de articulación entre los sectores público, privado y educativo. El modelo propuesto pretende superar esta desconexión y rigidez tradicional. Se enfoca en activar redes de colaboración, la inclusión de nuevas disciplinas como artes y humanidades, y la promoción activa de la innovación social y tecnológica vitales para el desarrollo económico regional. Además, el modelo subraya la importancia de la co-creación de conocimiento, validando los saberes tradicionales de los emprendedores para generar soluciones sostenibles y adaptadas a su contexto local.