O artigo objetiva discutir o conflito socioambiental que afeta o povo indígena Wajãpi, no Amapá, decorrente do assédio de empresas de mineração, atividades garimpeiras e de outras violências, a partir da perspectiva da Saúde Coletiva. Adota-se a técnica do estudo de caso em que a unidade de análise se concentra nos aspectos procedimentais de elaboração dos atos normativos e nos impactos dos conflitos socioambientais sobre a saúde indígena. A pesquisa destaca a necessidade de uma abordagem territorial, a valorização dos saberes indígenas e a promoção da visibilidade das vulnerabilidades, contribuindo para a saúde e para um desenvolvimento mais justo e sustentável. Conclui-se que a persistente discriminação e invisibilidade do povo Wajãpi impacta nos modos de vida e nos perfis de morbimortalidade dessa população, violando os direitos humanos, apesar dos avanços na proteção de direitos indígenas e do próprio enfrentamento do grupo ao conflito.