Under review version --- Modern physics has achieved remarkable mathematical precision but has lost sight of fundamental physical understanding. While energy conservation provides numerical consistency, it fails to explain why phenomena occur. This study presents Existence Wave Theory, which reconstructs physics through three core concepts: Space Quanta, Existence Waves, and Archetypes. Space Quanta process information at Planck-scale intervals, serving as the true executors of physical phenomena, while matter represents collective existence waves that merely "request" actions from Space Quanta. This paradigm shift provides "conceptual guardrails" that distinguish mathematical success from physical understanding, offering unified explanations for quantum mechanics, relativity, and cosmology while maintaining mathematical compatibility with existing theories. 現代物理学は驚異的な数学的精度を達成したが、根本的な物理的理解を見失っている。エネルギー保存則は数値的整合性を提供するが、現象がなぜ起こるのかを説明しない。本研究は、空間子、存在波、原型という三つの核心概念により物理学を再構築する存在波理論を提示する。空間子はプランク時間間隔で情報処理を行う物理現象の真の実行者であり、物質は空間子に「依頼」するだけの集合型存在波にすぎない。このパラダイム転換は、数学的成功と物理的理解を区別する「概念的ガードレール」を提供し、既存理論との数学的互換性を保ちながら、量子力学、相対論、宇宙論の統一的説明を可能にする。 --- なお、本論文は日本科学哲学学会に投稿を予定しているものである。