Od léta 2024 prochází AMČR mnoha změnami, jejichž cílem je nejen technologická obnova a zajištění udržitelnosti jejího rozvoje, ale též naplnění FAIR principů, na nichž má být založen každý důvěryhodný digitální repozitář. Jedním z klíčů k praktické aplikaci principů FAIR je používání persistentních identifikátorů (PID) pro trvalou a jednoznačnou identifikaci digitálních objektů. Přestože může jít o do jisté míry neuchopitelný pojem, s PID již dlouho běžně pracuje téměř každý vědec. S DOI, které využíváme při citování publikací, se setkáváme zcela běžně. Většina vědců užívá též ORCID pro identifikaci sebe sama při přípravě výstupů, případně zná ROR jako trvalý identifikátor výzkumných organizací. AIS CR se již v roce 2023 stal prostřednictvím pražského Archeologického ústavu členem Národního centra DOI, díky čemuž bylo možné začít uvažovat nad zavedením PID do AMČR, aniž by tím vznikaly nové mandatorní náklady spojené s jejich počátečním přidělením a pozdějším přidělováním dalších za provozu. Od konce března 2025 tak veškerá digitální dokumentace v AMČR má své DOI, použitelné při citování a dlouhodobé odkazování na jednotlivé dokumenty a datasety. Nad rámec toho byly implementovány též identifikátory IGSN pro samostatné nálezy evidované na základě AMČR-PAS a archeologické lokality evidované v AMČR. Tyto základní dva typy PID nově vytvářené v systému byly doplněny o využití existujících PID pro osoby a organizace ve schématech ROR, ORCID a Wikidata. V budoucnu bude celý komplex doplněn také o identifikátory výzkumných aktivit (archeologických akcí a projektů) ve formě RAiD. Tímto způsobem vzniká na úrovni AMČR síť propojených identifikátorů, která se postupně začne napojovat na širší schéma propojených dat mimo obor archeologie i mimo rámec ČR. K tomu mimo jiné pomůže indexace všech základních metadat o přidělených PID v mezinárodních službách, jako je DataCite Commons. Významně se tak zvýší dosah a viditelnost publikovaných dat, stejně jako míra kontroly nad jejich dalším využitím.