Structure of dat.zip folderdat.zip/├── 01_Sample_metadata/│ ├── Rep1_5day_male/│ │ ├── 5day_male_linker.csv│ │ ├── 5day_male_old_isolated.xls│ │ └── 5day_male_young_isolated.xls│ ├── Rep2_5day_female/│ │ ├── 5day_female_linker.csv│ │ ├── 5day_female_old_isolated.xls│ │ └── 5day_female_young_isolated.xls│ ├── Rep3_10day_male/│ │ ├── 10day_male_linker.csv│ │ └── 10day_male_young_isolated.xls│ └── Rep4_10day_female/│ ├── 10day_female_linker.csv│ └── 10day_young_isolated.xls├── 02_raw_reptide_X_singleCell/│ ├── r1_peptide.csv│ ├── r2_peptide.csv│ ├── r3_peptide.csv│ └── r4_peptide.csv├── 03_QuantQC_objects/│ ├── r1_5day_male.RData│ ├── r2_5day_female.RData│ ├── r3_10day_male.RData│ └── r4_10day_female.RData├── 04_Gene_X_SingleCell_and_annotations/│ ├── clearance_absolute.csv│ ├── clearance_relative.csv│ ├── Missingness_results.csv│ ├── MS_Run_annotations.csv│ ├── sc_mRNA_annotations.csv│ ├── sc_protein_absolute.csv│ ├── sc_protein_annotations.csv│ └── sc_protein_relative.csv├── 05_Stan_model_input_data/│ ├── clearance_stan.csv│ ├── protein_input_stan.csv│ └── rna_input_stan.csv├── 06_Gene_X_CellType/│ ├── Absolute_abundance/│ │ ├── abundance.csv│ │ ├── clearance.csv│ │ ├── mRNA.csv│ │ └── translation.csv│ └── Relative_abundance/│ ├── clearance_bayes_95CI.csv│ ├── clearance_bayes.csv│ ├── clearance_freq.csv│ ├── mRNA_bayes_95CI.csv│ ├── mRNA_bayes.csv│ ├── mRNA_freq.csv│ ├── protein_bayes_95CI.csv│ ├── protein_bayes.csv│ ├── protein_freq.csv│ ├── translation_bayes_95CI.csv│ ├── translation_bayes.csv│ └── translation_freq.csv├── 07_Output_tables/├── GO_Human.txt├── Mouse.fasta├── Supplemental_table1.xlsx├── Supplemental_table2.csv└── Supplemental_table3.csv