Mikroklimatická měření jsou dnes díky vývoji automatizovaných autonomních měřicích přístrojů široce dostupná, ale jejich zpracování může být náročné vzhledem k velkým objemům dat a nestandardizovaným výstupním formátům dat i nestandardizovaným způsobům měření v závislosti na konkrétní výzkumné otázce.Proto bývají v ochraně přírody (např. při zhodnocení vlivu klimatu na předměty ochrany) využívány pouze ojediněle. Cílem této metodiky je usnadnit využití mikroklimatických dat v praxi ochrany přírody a zajistit reprodukovatelnost výsledků, a to za pomoci praktických ukázek a ověřených postupů. Cílovou skupinou uživatelů jsou především pracovníci správ NP a CHKO, ale též pracovníci Agentury ochrany přírody a krajiny. První část metodiky se věnuje odvození biologicky relevantních proměnných zejména na základě časových řad z mikroklimatických stanic TOMST, ale i z jiných zdrojů, tak, aby bylo možné využít i další kompatibilní data. Hlavní motivací je fakt, že přestože klasická meteorologická data již standardizovaná jsou a nabízí řadu srovnatelných proměnných dostupných z různých zdrojů, tak data z kompaktních mikroklimatických stanic zdaleka tak standardizovaná nejsou a analýza dat získaných z jednotlivých stanic může být na první pohled náročná. Na příkladech založených na reálných datech ukazujeme hlavní problémy při zpracování dat a doporučujeme osvědčené postupy. Druhá část metodiky se věnuje praktickému využití odvozených proměnných pro vyhodnocení dat a také využití mikroklimatických a klimatických map. Metodika popisuje postupy pro získání a zpracování mikroklimatických měření z autonomních dataloggerů (instalace, správa dat, kontrola kvality dat, zpracování a vizualizace naměřených hodnot, základní analýzy dat) kompletně v open-source programovém prostředí R. Věříme, že absence vazeb na komerční software usnadní její využití. Výhodou zpracování dat v prostředí R je rovněž reprodukovatelnost postupů a výsledků, protože veškeré operace s daty zůstávají zdokumentovány ve zdrojovém kódu. Metodika byla certifikována Ministerstvem Životního prostředí 8.1.2025 (NMetS) Živá verze metodiky je online: https://git.sorbus.ibot.cas.cz/vysledky/metodika-mikroklima-ppz