README Data Version: v1 Code Repository: https://github.com/CSOgroup/SelectSim_analysis/ SelectSim R package Repository: https://github.com/CSOgroup/SelectSim Description There are two folders, `analysis_data` and `analysis_results`, which correspond to data required for the analysis provided in the Code repository and the results generated by them. The above two folders are subdivided into further subfolders. The tree structure of this repository is mentioned below: ```├── analysis_data│ ├── all_merged_data_genie_v15.rds│ ├── catalogue│ │ ├── dfci_oncokb_gene_run_list.rds│ │ ├── msk_oncokb_gene_run_list.rds│ │ └── Other_Inputs.md│ ├── normal_mutation│ │ ├── li_cancer_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│ │ ├── li_et_al_cancer_run_data_v3.rds│ │ ├── li_et_al_normal_run_data_v3.rds│ │ ├── li_normal_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│ │ └── tcga_BLCA.rds│ ├── primary_met│ │ ├── msk_m_sample_run_data_list.rds│ │ ├── msk_p_m_sample_run_data_list.rds│ │ └── msk_p_sample_run_data_list.rds│ ├── primary_met_elastic_net│ │ ├── full_gam.RData│ │ ├── msk_full_clinical_table.txt│ │ └── PM_comutations.RData│ └── roubustness_benchmarking│ ├── gene_used.rds│ ├── luad_maf_coselns_data.rds│ ├── luad_orginal_gam_wesme.tsv│ ├── luad_sampling_list.json│ ├── Other_Inputs.md│ ├── sampling_list_luad_2.rds│ └── sampling_list_luad.rds├── analysis_results│ ├── catalogue│ │ ├── all_merged_results_v15.rds│ │ ├── pan_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│ │ └── tumor_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│ ├── normal_mutation│ │ ├── li_results_bladder_merged.rds│ │ └── tcga_results_bladder_merged.rds│ ├── primary_met│ │ ├── msk_m_sampling_results_list.rds│ │ ├── msk_p_m_sampling_results_list.rds│ │ └── msk_p_sampling_results_list.rds│ ├── primary_met_elastic_net│ │ ├── EN_binomial_1.RData│ │ ├── EN_binomial_2.RData│ │ ├── EN_binomial_co_1.RData│ │ ├── EN_binomial_co_2.RData│ │ ├── EN_gaussian_co.RData│ │ └── EN_gaussian.RData│ └── roubustness_benchmarking│ ├── Cooccur│ │ ├── cooccur_luad_all_results.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ └── sampling_run_result_80_9.rds│ ├── Coselens│ │ ├── coselns_luad_all_results.rds│ │ ├── luad_sampling_run_10.rds│ │ ├── luad_sampling_run_1.rds│ │ ├── luad_sampling_run_2.rds│ │ ├── luad_sampling_run_3.rds│ │ ├── luad_sampling_run_4.rds│ │ ├── luad_sampling_run_5.rds│ │ ├── luad_sampling_run_6.rds│ │ ├── luad_sampling_run_7.rds│ │ ├── luad_sampling_run_8.rds│ │ └── luad_sampling_run_9.rds│ ├── Discover│ │ ├── luad_all.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│ │ └── tcga_all.rds│ ├── GAMToc│ │ ├── luad_all.txt│ │ ├── luad_V11_result.txt│ │ ├── luad_V12_result.txt│ │ ├── luad_V13_result.txt│ │ ├── luad_V14_result.txt│ │ ├── luad_V15_result.txt│ │ ├── luad_V1.txt│ │ ├── luad_V2.txt│ │ ├── luad_V3.txt│ │ ├── luad_V4.txt│ │ └── luad_V5.txt│ ├── Select│ │ ├── luad_all_results.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│ │ └── tcga_select_all_results.rds│ ├── SelectSim│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_9.rds│ │ └── tcga_LUAD.rds│ ├── TCGA\ robustness\ analysis│ │ └── all_sampling_results.rds│ └── WeSME_CO│ ├── LUAD_11_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_11_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_12_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_12_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_13_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_13_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_14_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_14_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_15_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_15_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_1_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_1_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_2_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_2_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_3_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_3_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_4_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_4_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_5_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_5_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_smut_co_pvs_0.1.txt│ └── LUAD_smut_me_pvs_0.1.txt└── README.md ``` Contact Details For any queries: Contact Arvind Iyer (ayalurarvnd@gmail.com, arvind.iyer@unil.ch) Lead Contact: Giovanni Ciriello (giovanni.ciriello@unil.ch) Acknowledgments The authors would like to acknowledge the American Association for Cancer Research and its financial and material support in the development of the AACR Project GENIE registry, as well as members of the consortium for their commitment to data sharing. Interpretations are the responsibility of the study authors.