La Serranía de La Lindosa es una formación geomorfológica que presenta heterogeneidad en sus coberturas vegetales. Esta zona se encuentra en una situación contradictoria debido a que presenta una elevada biodiversidad, sin embargo, es uno de los actuales focos de deforestación más grandes de Colombia. A pesar de que se espera una alta diversidad de murciélagos en La Lindosa existe poca información publicada sobre este grupo. Este trabajo presenta los resultados de inventarios de murciélagos realizados durante cinco años en la serranía de la Lindosa. Se compara la diversidad (riqueza, composición y estructura) de los ensamblajes de murciélagos en dos tipos principales de cobertura vegetal, los bosques húmedos y las sabanas casmófitas. Los inventarios recogen información de 735 murciélagos capturados, correspondientes a 46 especies. De éstas, 14 especies se encontraron solamente en sabanas casmófitas, 11 en bosques húmedos y 19 en los dos tipos de vegetación. De esta manera, se evidencia una alta complementariedad en la composición de especies de murciélagos entre los dos tipos de vegetación. Adicionalmente, la estructura de los ensamblajes de murciélagos varió entre los dos ambientes. La abundancia entre las especies es más homogénea en las sabanas casmófitas con un mayor número de especies raras comparado con los bosques húmedos. En general, la alta diversidad de murciélagos de la Serranía de La Lindosa puede estar relacionada con la heterogeneidad en la vegetación, la presencia de diferentes tipos de cuevas, y la historia evolutiva de las especies de murciélagos asociados a la Región Guayana.