El presente estudio tuvo como objetivo describir la microestructura cuticular de los pelos de guardia de los murciélagos presentes en el desierto costero del sur de Perú. Se examinaron muestras de 45 especímenes de murciélagos (16 especies, 13 géneros y 4 familias), depositados en la colección científica de mamíferos del Museo de Historia Natural de la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa (MUSA). Se obtuvieron pelos de la zona inter-escapular, los cuales fueron observados en un Microscopio Electrónico de Barrido para obtener datos morfológicos y morfométricos. Se registraron cinco tipos de patrones cuticulares coronales (adpreso, divergente, divaricado, alternado y hastada asimétrica) y seis configuraciones del borde de las escamas (simple, hendido, emarginado, aserrado, denticulado y dentado), permitiendo diferenciar fácilmente los especímenes hasta el nivel de subfamilia, mientras que con ayuda de datos cuantitativos (largo del pelo, ancho del pelo, índice de escama e índice de ancho de escama) fue posible alcanzar una determinación hasta el nivel de especie. Se documenta, por primera vez, una descripción de la cutícula de pelos de guardia para 15 especies de murciélagos que habitan el desierto costero del sur de Perú. Se presenta una clave taxonómica que servirá de apoyo para el desarrollo de inventarios y programas de monitoreo y conservación de murciélagos en las costas del sur de Perú.