El estudio analiza críticamente la convergencia hacia las Normas Internacionales de Contabilidad para el Sector Público en la ejecución presupuestaria de dos universidades públicas ubicadas en la provincia del Guayas, evidenciando las tensiones estructurales. La metodología mixta integró análisis documental, entrevistas a expertos del Ministerio de Economía y Finanzas y personal financiero universitario, más procesamiento cualitativo mediante sistema NVivo 12. La correlación de Pearson (R=0.83) demuestra que las dificultades en la adopción de las NICSP se relacionan directamente con brechas en la gestión presupuestaria, especialmente en los componentes de Propiedades, Planta y Equipo, donde persisten discrepancias entre los sistemas de bienes y contable. Aunque la ejecución promedio alcanza el 84.11%, el fuerte peso del gasto en remuneraciones (75.26%) revela una estructura presupuestaria rígida y poco eficiente. Se concluye que, sin un fortalecimiento técnico sostenido, mecanismos de gobernanza financiera más robustos y una revisión crítica del modelo presupuestario universitario, la armonización normativa no garantiza transparencia ni mejoras reales en la eficiencia del sector.