El inadecuado manejo de los inventarios afecta el crecimiento económico de las empresas del sector farmacéutico, reflejándose en una toma de decisiones alejada de las necesidades reales en este sector empresarial. El presente artículo de investigación pretendió identificar elementos de la gestión actual de inventarios en microempresas del sector farmacéutico del Tolima, Colombia, permitiendo establecer medidas que faciliten un proceso de gestión partiendo de la necesidad o problemática que originan las prácticas empíricas de sus administradores. Este estudio se trabajó a partir de un enfoque cualitativo explicativo y un método inductivo para analizar las particularidades en el manejo de inventarios estableciendo parámetros de control necesarios en el manejo de los inventarios. Como muestra se tomaron 286 microempresas del sector farmacéutico del Tolima, registradas en cámara de comercio. Como resultados de la investigación se encuentran en primer lugar, un diagnóstico que permitió determinar los factores que deben ser optimizados dentro de los procesos empresariales y finalmente, el desarrollo de la propuesta de control de inventarios, basado en la combinación de los modelos japoneses Just Time y 5S. Se tienen en cuenta los hallazgos encontrados en el control y manejo de inventarios por parte de sector empresarial.