У статті розглянуто теоретичні та практичні аспекти реформування системи управління Державної прикордонної служби України відповідно до визначеного основного курсу держави на зближення та вступ до Північноатлантичного Альянсу, проаналізовано основні аспекти побудови органів управління Збройних Сил та інших військових формувань України і надано пропозиції щодо уніфікації структури прикордонного відомства. Враховуючи те, що державою визначено основні пріоритети в реформуванні складових сектору безпеки і оборони України за стандартами НАТО, це в повній мірі стосується Державної прикордонної служби України, яка безпосередньо входить до складу сил оборони та сил безпеки й бере участь для вирішення питань захисту національних інтересів держави від воєнних загроз на державному кордоні. Аналіз організаційно-штатної структури Адміністрації Держприкордонслужби України, регіональних управлінь та органів охорони державного кордону вказує на те, що в сучасних умовах структура органів управління вищого органу значно відрізняється від структури нижчестоящого органу управління, що ускладнює процес прийняття рішення та порядок передачі розпоряджень. Це значною мірою було виявлено під час організації оперативно-службової діяльності у зоні проведення Антитерористичної операції та у складі операції Об’єднаних Сил на території окремих районів Луганської та Донецької областей. Процес прийняття рішень та передачі розпоряджень спочатку Антитерористичної операції займав дуже довгий шлях та потребував постійного погодження з Адміністрацією Держприкордонслужби України. Для мінімізації часу й швидкого реагування на зміни в обстановці було прийнято рішення про створення окремого органу управління у складі керівництва операції Об’єднаних сил. Такий підхід значно покращив порядок взаємодії всіх складових операції Об’єднаних сил та спростив процес прийняття рішення й доведення завдань до підпорядкованих підрозділів. Таким чином, уніфікація структур органів управління Державної прикордонної служби України, приведення їх к загальним стандартам військових формувань та органів управління Північноатлантичного блоку, забезпечить швидку взаємодію під час вирішення спільних завдань та буде спроможне увійти в загальну систему управління у разі загрози агресії з боку інших держав.