Sekwencjonowanie nanoporowe należy do technik tzw. trzeciej generacji. Polega ono na elektroforetycznym transporcie kwasów nukleinowych przez kanały białkowe o nanometrowych rozmiarach (nanopory) i identyfikacji ich sekwencji na podstawie zmian mierzonego sygnału elektrycznego. Technika nanoporowa pozwoliła na znaczące wydłużenie odczytów sekwencyjnych oraz bezpośrednie sekwencjonowanie natywnych cząsteczek DNA i RNA. W efekcie, w ciągu zaledwie kilku lat od czasu wprowadzenia pierwszego sekwenatora nanoporowego, stała się ona jedną z wiodących technik sekwencjonowania. Zakres zastosowań techniki nanoporowej jest bardzo szeroki i obejmuje w szczególności asemblację genomów, badanie zmienności strukturalnej, identyfikację modyfikacji kwasów nukleinowych oraz badanie alternatywnego składania transkryptów. Dzięki swojej dostępności i prostocie, sekwencjonowanie nanoporowe jest również coraz powszechniej stosowane w badaniach epidemiologicznych i rolnictwie, do szybkiej identyfikacji i monitorowania rozprzestrzeniania się chorobotwórczych bakterii oraz wirusów.