La protection des écosystèmes aquatiques est indispensable à l’équilibre écologique des espèces halieutiques et à une saine alimentation des populations locales. Le lac Nokoué situé au Sud du Bénin est sous l’influence de plusieurs formes de pollution qui résultent pour la plupart des activités anthropiques. Ce travail se propose de faire une évaluation des diverses formes de pollution que subi aujourd’hui ce lac, afin d’alerter sur les risques écotoxicologiques. Pour atteindre cet objectif, des visites du terrain d’étude, des analyses physico-chimiques et bactériologiques ont été effectuées, des entretiens avec des personnes ressources ont été organisés et des enquêtes de terrain ont été menées auprès des populations locales. Les résultats issus des analyses physico-chimiques et bactériologiques de l’eau du lac Nokoué ont permis d’identifier les sources des divers types de polluants du lac Nokoué. La teneur en oxygène dissous varie de 3,62 mg /L à 2,76 mg/L ; la DBO5 de 29 mg/L à 10 mg/L ; la DCO est de 253 mg/L ; la teneur en ammonium est supérieure à 8 mg/L ; la teneur en nitrite avoisine 0,7 mg /L par endroit ; la teneur en coliformes totaux fluctue de 4000 /100 mL à 6000/100 mL ; la teneur en streptocoques fécaux varie de 500/100mL à 4000/100 mL. Ces résultats montrent que le lac Nokoué est pollué. Des stratégies pour limiter la pollution du lac doivent être mises en place par les décideurs à tous les niveaux afin d’éviter des problèmes d’écosanté aux populations du lac Nokoué, ce qui pourrait constituer aussi un frein pour le développement du pays.Keywords: Pollution, écosystème, lac Nokoué, risques écotoxicologiques