El río Atrato ejerce una fuerte influencia sobre las condiciones de calidad fisicoquímicas y ecológicas de las aguas costeras en el Golfo de Urabá, mediante el transporte de microorganismos patógenos y no patógenos que pueden llegar a deteriorar la salud humana y con ello, constituirse en indicadores del deterioro de la calidad del agua. Todos estos aportes están favorecidos por el desarrollo de actividades socioeconómicasy la falta de sistemas de saneamiento en las poblaciones asentadas en la cuenca del río Atrato.El instituto de Investigaciones Ambientales del Pacífico, en cumplimiento de su misión investigativa para el desarrollo progresivo de nuestras comunidades y el sostenimiento del equilibrio ambiental ha desarrollado investigaciones en las zonas costeras de la región, obteniendo reportes de calidad fisicoquímica en las bahías de Turbo, Buenaventura, Tumaco, Nuquí y Bahía Solano; en las que se evidencio cierto grado de contaminación debido a las grandes descargas de residuos domésticos, portuarios e industriales, producto de las actividades realizadas en fuentes hídricas que a estas vierten. Partiendo de lo anterior, la caracterización ecológica de las aguas costeras del Golfo de Urabá influenciada por los aportes containantes del río Atrato, constituye un aporte al conocimiento y seguimiento del estado de calidad de este ecosistema hídrico. En el presente documento se presentan los resultados de evaluación de la calidad fisicoquímica y ecológica del agua en el Golfo de Urabá, como una aproximación al analisis de los aportes contaminantes del río Atrato, partiendo del analisis de información secundaria como línea base, la medición y análisis de variables fisicoquímicas y la identificación de indicadores biológicos como algas, así como del análisis del estado de conservación a partir de la evaluación y calificación de indicadores ecológicos, que den cuenta del estado de conservación del ecosistema hídrico y los efectos de las dinámicas socioeconómicas, domésticas y productiva que se desarrollan en su área de influencia.