La colección de referencia del Herbario Universidad Católica de Oriente (HUCO) está compuesta por aproximadamente 13.540 muestras. Esta colección se fundó en el año 2000, con el objetivo de asesorar una colección de referencia de la flora del Oriente Antioqueño, una de las regiones del departamento de Antioquia con mayor diversidad e impactos antrópicos. La colección esta representada por especies de bosque húmedo y muy húmedo premontano, así como de bosque húmedo y muy húmedo tropical en un rango de alturas de 200 a 3400 msnm. Asimismo se destaca la colección de cultivares y plantas con potencial agronómico realizada desde hace 15 años por estudiantes de la facultad de Ciencias Agropecuarias. Además, una colección representada por la flora de ecosistemas acuáticos de diferentes regiones.

Actualmente, este recurso cuenta con la información de 4.564 registros, con 80% identificados a nivel de especie, 17% a nivel de género y 3% a nivel de familia. Cuenta con 192 familias, 807 géneros y 1.500 especies. El 79% de las colecciones han sido realizadas en el Oriente Antioqueño, distribuidas en los siguientes municipios: El Carmen de Viboral, Sonsón, Rionegro, Marinilla, El Retiro, San Luis, Guarne, La Ceja, La Unión, San Vicente, El Santuario, Guatapé, El Peñol, Cocorná y San Rafael. La colección ha sido cuidadosamente curada por especialistas en la taxonomía de diferentes grupos de Angiospermas y Helechos.