Los ambientes naturales como los humedales representan un potencial importante en la conservación de especies endémicas, además de participar en los mecanismos de regulación ecológica y recarga hídrica, generalmente estos albergan una enorme variedad de especies de flora y fauna y es una importante área de endemismos; por ello, constituyen una reserva genética de importancia mundial y no menos significativa es la función que cumplen sus bosques alrededores, que actúan como parte importante resguardo especies y ayudan en los procesos y roles tróficos de los mismos. A pesar de los múltiples beneficios que aportan, presentan una preocupante reducción de sus hábitats producto del avance de la urbanización, actividades agrícolas, pastoreo, drenaje y presencia de plantas invasoras que desplazan a las especies nativas, lo que genera su paulatino y constante deterioro, debido en mayor parte, a las alteraciones por contaminación y saneamiento básico, provocado cambios en la estructura y composición de las comunidades biológicas presentes y procesos de eutrofización. El fitoplancton es un conjunto de microorganismos acuáticos, fotosintetizadores con ciclos de vida corta, que viven suspendidos en la columna del agua, la presencia y abundancia de esta comunidad puede ser utilizada para evaluar el estado ecológico del medio en el que se encuentran los humedales, permitiendo inferir sobre los problemas que estén sucediendo, estas microalgas presentan, una alta heterogeneidad tanto espacial como temporal dependiendo de la variabilidad en los factores ambientales, e hidrología, que determinan su comportamiento y distribución. El uso de los macroinvertebrados acuáticos (y muy especialmente los insectos) también son indicadores ideales de la calidad de las aguas de los ecosistemas (ríos, lagos o humedales) está generalizándose en todo el mundo. Los beneficios del uso de herramientas integradoras y no solo las características fisicoquímicas del agua para la medida de su calidad han sido explicitadas también para medir el “Estado Ecológico”, de los mismos. En muchos estudios de macroinvertebrados acuáticos en ambientes lénticos, se ha manifestado que la hidrología, la vegetación acuática, las perturbaciones antropogénicas y la depredación son los factores que controlan la dinámica de los invertebrados en estos ambientes, con base en lo expuesto, el Instituto de Investigaciones Ambientales del Pacifico (IIAP), en su marco de generar conocimiento, presenta el informe técnico relacionado con el estado ecológico utilizando la comunidad de algas planctónicas y macroinvertebrados en la ciénaga la Larga de Tagachí, del municipio de Quibdó, en el Chocó Biogeográfico.