A maior particularidade desse acervo está relacionada aos diferentes tipos de amostras que a compõe: amostras líquidas (preservadas em formol), lâminas permanentes e exsicatas de material seco. As coletas dos espécimes depositados são oriundas de diferentes ecossistemas aquáticos do Estado de São Paulo e demais estados brasileiros e outros países. O SP-ALGAE está registrado na Rede Brasileira de Herbários (Sociedade Botânica do Brasil) e no Index Herbariorum, e os registros estão disponíveis no sistema Species Link. A Coleção Líquida encontra-se armazenada em frascos de vidro, fixadas com formol, contendo amostras de macro e microalgas provenientes de diversas regiões do Brasil, ambientes de águas continentais (reservatórios, lagos, rios, banhados), salobras e ambientes marinhos. Há também amostras provenientes de bancos de cultivo de algas e de experimentos, representantes de algas subaéreas, especialmente da Mata Atlântica. A coleção líquida reúne representantes de muitos grupos de algas. A Coleção de Lâminas é representada, na maioria, por lâminas de amostras preparadas para observação de diatomáceas, de ambientes continentais, marinhos, sedimentos superficiais e de sedimentos provenientes de estudos paliolimnológicos. Há nesta coleção de lâminas vários TIPOS de diatomáceas, registros de materiais brasileiros. A Coleção de Exsicatas é composta especialmente por macroalgas marinhas - com representantes de Cyanobacteria, Rhodophyta, Phaeophyta e Chlorophyta – tanto de água doce como salgada; com representantes do todo litoral Brasileiro, inúmeros representantes do litoral Paulista, Espírito Santo, além de material proveniente do Caribe, América do Norte, Europa e Continente Antártico, dentre outras regiões.