Se estudió la emergencia y el desarrollo de plántulas en una especie semidomesticada de chile (C. frutescens) como cultivo familiar y de pequeña escala con características de tolerancia a bajos déficit hídricos, el cual fue comparado con una variedad comercial cultivada de chile (C. annuum), una de las más cultivadas en la región noroeste de México. Se aplicó un diseño experimental completamente al azar con arreglo factorial donde los factores fueron las dos especies de chile expuestas a cinco tratamientos de déficit hídrico. Los resultados muestran una menor tasa de emergencia y menor porcentaje total a la especie semidomesticada y una diferencia de siete días para emerger con respecto a la especie comercial. Los tratamientos de déficit hídrico no afectaron el desarrollo de la especie de chile semidomesticada (C. frutescens), ya que no presentó efectos negativos en longitud de raíz, longitud del tallo y producción de biomasa seca por planta. En contraste, para C. annuum el tratamiento más severo de estrés hídrico (-3.2 MPa) disminuyó significativamente su tamaño y también redujo la producción de biomasa, por lo que la especie comercial domesticada mostró mayor vulnerabilidad al déficit hídrico. C. frutescens presentó una emergencia más lenta comparada a la especie cultivada (C. annuum), lo cual puede implicar un mecanismo de retraso inherente a la condición de semidomesticación y a los ciclos naturales de sequía a los que comúnmente está expuesta. Los tratamientos de déficit hídrico no afectaron de manera negativa su crecimiento, incluyendo la condición extrema de frecuencia de riego cada 26 días, equivalente a una tensión hídrica de -3.2 MPa. Lo anterior indica para C. frutescens una menor susceptibilidad a la escasez de agua que C. annuum, lo cual se traduce en bajos requerimientos de la misma, por lo que representa una alternativa de cultivo en regiones áridas y semiáridas como Baja California Sur, donde el déficit hídrico en el entorno edáfico es una condición característica de los ecosistemas.