Penelitian ini bermaksud mengeksplorasi dan mengkarakterisasi fraksi kloroform (non polar) dan fraksi protein (polar) dari spesies alga merah dan alga hijau di Sulawesi Selatan. Proses ekstraksi dan fraksinasi senyawa nonpolar dalam fraksi kloroform dilakukan dengan menggunakan pelarut organic berdasarkan sifat polaritasnya. Senyawa protein bioaktif diperoleh melalui serangkaian proses ekstraksi, fraksinasi dengan kejenuhan ammonium sulfat 0-20%, 20-40%, 40-60%, dan 60-80% yang dilanjutkan dengan proses dialysis. Fraksi kloroform dan protein yang diperoleh akan diuji pengaruhnya terhadap anti bakteri dengan metode difusi agar. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bioaktivitas antibakteri terbesar fraksi protein dari alga merah Gelidium amansii terhadap Staphylococcus aureus terdapat pada fraksi 0-20% dengan daerah hambatan sebesar 14,43 mm dan bersifat bakteriostatik. Selanjutnya, bioaktivitas antibakteri terbesar fraksi protein dari alga hijau Turbinaria decurrens terhadap Staphylococcus aureus terdapat pada fraksi 0-20%, dengan daerah hambatan sebesar 13.30 mm dan bersifat bakteriostatik. Bioaktivitas antibakteri terbesar fraksi non polar dari alga merah Geladium amansii terhadap Salmonella thypi terdapat pada senyawa 1 dengan daerah hambatan sebesar 15.40 mm dan bersifat bakteriostatik. Sedangkan bioaktivitas antibakteri terbesar fraksi non polar dari alga hijau Turbinaria decurrens terhadap Salmonella thypi terdapat pada senyawa 2 dengan daerah hambatan sebesar 15.00 mm dan bersifat bakteriostatik. Dari hasil penelitian ini diharapkan munculnya pengetahuan dan pengertian yang lebih baik dari komponen-komponen bioaktif alga merah dan alga hijau tentang daya hambat secara optimal dan efektifnya terhadap pertumbuhan bakteri. Hasil penelitian awal ini akan dikembangkan pada cakupan penelitian yang lebih luas seperti mensintesis senyawa bioaktifnya secara kimia, atau mengkloning proses bioaktifnya, dan diuji pre-klinis dari komponen antimikroba yang diperoleh.