Hücresel prosesler ve yolaklar hakkında bilgi Systems Biology Graphical Notation (SBGN) gibi hesaplanabilir standart formatlarda artarak daha ulaşılabilir bir hale geliyor. Bu bilginin etkin olarak görselleştirilmesi biyolojik bilgi analizi için temel bir gereklilik. Biyolojik bilgi analizi hızla web tabanlı platformlara taşınmakta; bu yüzden bu platformları ve diğer kullanım senaryolarını destekleyen çok yönlü web tabanlı yolak görselleyici ve düzenleyicilere büyük bir ihtiyaç var.Bu ihtiyacı karşılamak için modüler bir yazılım mimarisi geliştirmeyi öneriyoruz. Önerilen mimari yeniden kullanılabilir web tabanlı kütüphaneler ve bu kütüphaneleri kullanarak geliştirilen kolaylıkla uyarlanabilir ve gömülebilir araçlar içeriyor. Kütüphanelerimiz SBGNViz.js, SBGN diyagramlarıyla gösterimlenen yolak modellerini görselleştirmek için bir işleyici ve uygulama programlama arayüzü sağlayan Cytoscape.js tabanlı bir kütüphane, ve ChiSE.js, SBGN diyagramlaryla gösterimlenen yolak modellerini görselleştirmek ve inşa etmek için SBGNViz.js tabanlı bir kütüphane, ve çok yönlü Cytoscape.js eklentilerinden oluşmakta. Bu kütüphaneleri kullanarak geliştirilen araçlarımız sırasıyla SBGNViz.js ve ChiSE.js için birer örnek uygulama olan SBGNViz Viewer ve Newt'i içermekte.Newt, moleküler kompleksler ve kompartımanlar gibi bileşik yapıları, örgü ve hizalama yönergeleri gibi ileri şemalaştırma olanaklarını, durgun ve artımlı yerleştirme algoritmalarını, ve büyük haritalarda karmaşıklık yönetimini destekleyen ilk web tabanlı araç olarak geliştirilmekte.

Information about cellular processes and pathways is becoming increasingly available in detailed, computable standard formats including Systems Biology Graphical Notation (SBGN). Effective visualization of this information is a key recurring requirement for biological data analysis, especially for -omic data. Biological data analysis is rapidly migrating to web based platforms thus there is a substantial need for sophisticated web based pathway viewing and editing tools that support these platforms and other use cases.We propose to develop a modular software architecture to meet this need. This proposed architecture includes reusable web based libraries and easily customizable and embeddable tools developed using these libraries. Our libraries include SBGNViz.js, a Cytoscape.js based library providing a renderer and an API to develop tools visualizing pathway models represented by SBGN Diagrams, and ChiSE.js, an SBGNViz.js based library to visualize and construct pathway models represented in SBGN Diagrams, and miscellaneous Cytoscape.js extensions. Our tools are built using these libraries and include SBGNViz Viewer and Newt, which are sample applications for SBGNViz.js and ChiSE.js, respectively.Newt is being developed to become a first web based, open source SBGN editor with full support for compound structures such as molecular complexes and compartment, advanced diagramming facilities including grid and alignment guidelines, static and incremental layout, and complexity management of large maps.

81