La calidad del agua costera está siendo alterada por el incremento de los desechos propios de las actividades humanas; los nutrientes nitrógeno y fósforo generados por estas fuentes pueden acrecentar el desarrollo del proceso de eutrofización en el ambiente costero. El Estado de Yucatán, México, es una zona tropical sometida a las presiones que representan su desarrollo económico, por el crecimiento de la densidad de la población y el aumento del vertido de desechos. El subsuelo de esta región es un sistema cárstico de carbonato de calcio que favorece la infiltración del agua y de contaminantes al acuífero. Durante el año 2000, las principales fuentes de nutrientes de Yucatán, fueron en orden de importancia, los aportes continentales procedentes de la porcicultura y avicultura, la agricultura, la precipitación atmosférica y los desechos de origen humano -domésticos, públicos, urbanos e industriales-; estos nutrientes ingresan al litoral de Yucatán por la descarga del agua subterránea en la costa, con una proporción N:P =194,9:1. La calidad del agua costera de Yucatán está regida por el agua subterránea que descarga con un volumen similar al de los ríos y es una fuente de nitrógeno y silicio. Los procesos biogeoquímicos están alterados por la fertilización externa procedente del vertido de aguas residuales generadas por el turismo y la acuicultura. Las altas concentraciones de nutrientes y de clorofila a en los puertos de abrigo son una evidencia de que la eutrofización se puede acrecentar al restringir el libre flujo del agua. El agua costera del noroeste de Yucatán presentó desviaciones mayores a la proporción de Redfield Si:N:P=16:16:1. El fósforo probablemente sea el nutriente limitante de la producción primaria en esta región. El estado trófico del agua costera se valoró con dos índices, el Índice de eutrofización por nutriente, IE, y el índice del estado trófico, TRIX. El IE clasificó las aguas costeras de Yucatán como oligotróficas para el nitrito y el fósforo y como mesotróficas para los nitratos, amonio y silicio. Los puertos de abrigo fueron eutróficos para todos los nutrientes, con excepción del fósforo. El TRIX clasificó el agua costera de Yucatán con un nivel trófico medio y alto y a los puertos de abrigo con un nivel trófico alto. Las localidades costeras de Yucatán responden diferente al estímulo del aporte de nutrientes, por la discrepancia de sus condiciones geomorfológicas y a los productores primarios. El gradiente de salinidad, los pastos marinos y los procesos biogeoquímicos del sedimento, pueden ser los atributos del medio ambiente costero de Yucatán que actúan como el filtro del modelo contemporáneo de eutrofización costera, que modula las respuestas del ecosistema al estímulo del aporte de nutrientes.