Como parte del proyecto Mejoramiento Genético Forestal Asistido por Marcadores Genéticos (Instituto Tecnológico de Costa Rica y Universidad de Costa Rica, financiado por la Fundación CRUSA), se han desarrollado aplicaciones en el programa de mejoramiento genético de especies forestales como teca, melina y pilón. Con la utilización de diez microsatélites se ha podido generar una huella genética para cada uno de los clones de teca de la colección del Instituto Tecnológico de Costa Rica y FUNDECOR. Se ha podido verificar la veracidad y pureza de cada uno de los clones, así como el grado de parentesco utilizando microsatélites, donde se registraron casos de un 90% de similitud genética entre algunos pares de clones. Así también, se determinó que algunos clones comparten poca información genética (menor al 20%). Con base en muestras de teca de familias contrastantes en un ensayo de progenie, se investigó posible ADN presente solamente en los individuos superiores en volumen y calidad de fuste. Se analizaron mediante AFLPs las dos mejores y las dos peores familias del ensayo con respecto a su producción volumétrica y calidad de fuste. Para la variable calidad, las mejores familias comparten un alto porcentaje de sus elementos genéticos. Se observó que las mejores familias se separan ampliamente de las peores, posibilitando con esta evidencia, continuar profundizando en el ADN que aparece exclusivamente en los mejores materiales del programa. Se incluye la aplicación de los marcadores genéticos como un potencial complemento del protocolo de evaluación de los materiales utilizados en ensayos de progenie y colecciones genéticas establecidas en el Programa de Conservación y Mejoramiento Forestal que desarrolla el Instituto Tecnológico de Costa Rica en conjunto con miembros de GENFORES.