La biogeografía del litoral peruano ha sido descrita en base a aspectos oceanográficos y datos cualitativos de presencia de especies. Esto ha generado que existan discrepancias en las unidades biogeográficas propuestas anteriormente. En este estudio, se registró la distribución de comunidades macrobentónicas del intermareal rocoso en 41 sitios del litoral norte y centro del Perú entre los 3.5ºS y 13.5ºS, junto con valores históricos de la temperatura superficial del mar con el objetivo de describir la zonación biogeográfica. Se determinó la presencia de tres unidades biogeográficas entre los 3.5-4.5ºS, 4.5-5.5ºS y 5.5-13.5ºS. Asimismo, la prueba de significancia para la diferencia en composición específica entre latitudes encontró un conjunto de taxa único en la latitud 5ºS. La correlación entre la variación de la temperatura y la disimilaridad en la estructura comunitaria en el gradiente latitudinal sugieren la presencia de tres unidades biogeográficas; donde la provincia Panámica (3.5-4.5ºS) está asociada a la corriente de Cromwell, la provincia Peruana (5.5- 13.5ºS) a la corriente Peruana, y la zona de Transición (4.5-5.5ºS) a la confluencia entre ambos sistemas. Estos resultados son de interés considerando los efectos de El Niño en la región, las bajas temperaturas pese a la baja latitud en la que está ubicada, y el efecto del cambio global sobre la intensidad de estos y los afloramientos. La información obtenida colabora en el desarrollo de planeamiento espacial del borde costero, la determinación de áreas marinas protegidas y el entendimiento de los cambios inducidos por la variabilidad climática asociada al ciclo ENSO.