Las enfermedades inmunomediadas en perros requieren tratamientos inmunosupresores que pueden predisponer a infecciones oportunistas. Este estudio evaluó la aparición de dichas infecciones en pacientes tratados con dos protocolos: glucocorticoides (GC) con ciclosporina o con micofenolato de mofetilo (MMF). Se realizó un estudio retrospectivo mediante la revisión de historias clínicas de perros atendidos en el hospital veterinario de la Universidad Católica de Valencia (UCV), recopilando datos clínicos, microbiológicos y terapéuticos. Se incluyeron 24 perros, mayoritariamente hembras adultas de razas puras, con un peso medio de 17 kg. La fiebre y los trastornos gastrointestinales fueron las manifestaciones clínicas más frecuentes. Las infecciones más comunes fueron colangiohepatitis (CH), cistitis bacteriana e infecciones cutáneas, siendo Escherichia coli el patógeno más aislado (33,33%). Los perros tratados con ciclosporina presentaron más infecciones múltiples que los tratados con MMF. En más del 50 % de los casos se utilizó antibioterapia dirigida por cultivo, y la ausencia de tratamiento específico se asoció a un peor pronóstico. Aunque se observaron ciertos patrones clínicos y terapéuticos, no se encontró una asociación estadísticamente significativa entre el tipo de inmunosupresor y el desarrollo de infecciones específicas. El grado de inmunosupresión general pareció ser el principal factor de riesgo. No obstante, se detectó una mayor prevalencia de infecciones en el grupo con ciclosporina. Estos hallazgos destacan la importancia de una vigilancia clínica y microbiológica activa, el uso racional de antimicrobianos y la individualización del tratamiento para minimizar riesgos sin comprometer la eficacia terapéutica.