En el Colegio Externado de San José las asignaturas básicas, tanto en preparatoria como en primaria, cuentan con un programa de estudio que sigue la propuesta curricular del Ministerio de Educación y Medio Ambiente (MINEDUCYT), mientras que las especiales (Inglés, Deportes, Manualidades, Computación, Música y Formación Cristiana), con un programa elaborado por los docentes de cada disciplina. Estos últimos, han tenido modificaciones, de contenido y énfasis, en el transcurso de los años, con la finalidad de responder mejor a la realidad y ofrecer procesos de enseñanza y aprendizaje significativos para el estudiante.