Peyniraltı suyu günümüzde birçok farklı sektör tarafından kullanılan, yüksek üretim hacmine ve yüksek organik içeriğe sahip bir yan üründür. Peyniraltı suyunun berteraf edilmeden doğaya bırakılması onu önemli bir çevre kirleticisi haline getirmektedir. Bu tez çalışması kapsamında doğada selülozdan sonra en fazla bulunan organik biyopolimer olan, biyouyumlu, biyobozunur, katyonik ve antimikrobiyal özelliklere sahip olan kitosan peynir üretimi sırasında farklı konsantrasyonlarda (0, 0.25, 0.5, 1, 2, 3, 4 mg/ml) kullanılarak peyniraltı suyuna kaçan organik moleküllerin peynirin içerisine hapsedilmesi ve böylece peyniraltı suyunun organik yükünün azaltılıp doğa için daha az zararlı bir atık haline gelmesi, peynir besin bilşiminin zenginleşmesi, antimikrobiyal özelliği sayesinde depolama sırasında mikrobiyolojik kontaminasyonu engelleyerek peynirin mikrobiyolojik yükünü azaltması amaçlanmıştır. Gerçekleştirilen analizler sonucu peyniraltı suyunun organik madde konsantrasyonunun 3 mg/ml konsantasyonda en fazla azaltım sağlandığı, peynirin protein konsantrasyonunun %39,57 ve yağ konsantrasyonunun % 28,69 arttırılabildiği tespit edilmiştir. Aynı zamanda artan kitosan konsantrasyonuna bağlı olarak peyniraltı suyu ayrımının kolaylaştığı ve 3 mg/ml konsantrasyona sahip kitosan eklenmesinin süzülme süresini %95 azalttığı ve böylece daha sıkı bir pıhtı elde edilebilmesini sağladığı belirlenmiştir. Farklı sıcaklıklarda (4 oC, 14 oC, 24 oC) gerçekleştirilen küf ve mayasayımı sonucuna göre, 4mg/ml kitosan konsantrasyonu peynirde mikrobiyolojik yük oluşumunu engellemede en başarılı sonucu göstermiştir.