Le micosi profonde sono infezioni che interessano solitamente il polmone, le quali possono eventualmente disseminare per via ematica con coinvolgimento degli organi interni e della cute (micosi disseminate o sistemiche) con intensa reazione immunitaria da parte dell’ospite. Sono causate, sia da funghi patogeni presenti nell’ambiente che da funghi opportunisti. I funghi patogeni causano malattie sia negli ospiti immunocompetenti che in quelli immunocompromessi. La loro frequenza è notevolmente aumentata in seguito al diffondersi dell'infezione da HIV/AIDS. In questo capitolo vengono descritte la candidosi, l'aspergillosi, la criptococcosi, l'istoplasmosi, la coccidioidomicosi, la blastomicosi nord-americana, la paracoccidioidomicosi (blastomicosi sud-americana), la zigomicosi, l'infezione da Penicillium marneffei ed infine la pneumocistosi, grave infezione polmonare sostenuta da Pneumocystis jirovecii.