Til tilsynsprogrammet for skjell, mikrobiologi, ble det i 2007 tatt ut i alt 335 prøver av skjell. Av disse var 319 prøver av blåskjell (Mytilus edulis), tatt ut ved 69 lokaliteter gjennom hele året. Av de øvrige prøvene var fire av kamskjell (Pecten maximus), fire av oskjell (Modiolus modiolus), fem av østers (Ostrea edulis) og tre av hjerteskjell (Cerastoderma edule). Prøvene ble sendt til Nasjonalt institutt for ernærings- og sjømatforskning (NIFES) i henhold til instruks utarbeidet av Mattilsynet, Nasjonalt senter for fisk og sjømat. Her ble alle prøvene analysert for E. coli og enterokokker, og et utvalg ble også analysert med hensyn på Salmonella.