Til tross for betydelig bedring siden 1970- og 80-tallet, er økologisk tilstand mht. eutrofiering fortsatt klassifisert som moderat i nedre deler av flere av Mjøsas tilløpselver samtidig som Mjøsa de fleste årene har god økologisk tilstand. De siste årene har tilstanden imidlertid nærmet seg grensen til moderat i deler av Mjøsa, og vært moderat i Furnesfjorden. En oppblomstring av blågrønnalger i 2019 kan tyde på forverring av tilstanden. Fosfortilførsler er den vesentligste årsaken til eutrofiering. I de ni nedbørfeltene som er sammenstilt her, har det vært en økning i husdyrtallene over de siste 20 årene med tilsvarende økning i spredning av fosfor med husdyrgjødsel i jordbruket. Fosforinnholdet i jordbruksjorda har økt i samme periode. Det fører til økt risiko for fosfor-avrenning. Samtidig er det betydelige tilførsler av fosfor med høy biotilgjengelighet fra spredte avløpsanlegg. Med klimaendringer som fører til økt avrenning er det en risiko for at fosfortilførslene kan øke og overskride grensen for den belastningen innsjøen tåler. Dersom det ikke settes inn tiltak kan tilstanden i innsjøen forverres. Tiltakene omfatter opprydding i avløpsløsninger, redusert tilførsel av fosfor til jordbruksarealene blant annet ved bruk av fosforfri mineralgjødsel sammen med utnyttelse av alt spredeareal, og overvintring i stubb med grasdekte vannveier og kantsoner på kornarealene. Etablering av fangdammer vil også bidra til å redusere fosfortilførslene til Mjøsa.