Flagstadelva har vært betydelig påvirket av både avløp, husdyrhold og arealavrenning fra jordbruket. Over tid har vannkvaliteten blitt bedre, men den økologiske tilstanden er fortsatt moderat med hensyn til eutrofiering i nedre deler av elva. Beregninger for 2016 viser at hovedkildene til de menneskeskapte tilførslene av fosfor til vann er avløp og jordbruk. Avløp er den største kilden til biotilgjengelig fosfor. Fortsatt opprydding i spredt avløp er derfor det viktigste tiltaket for å bedre vannkvaliteten i elva. Det har over de siste 20 årene skjedd endringer i jordbruket som kan ha påvirket vannkvaliteten i elva og tilførslene til Mjøsa. Husdyrtettheten og fosforstatus i jorda har økt, og på kornarealene har det vært en nedgang i overvintring i stubb. Dette medfører økt risiko for fosforavrenning. Redusert fosforgjødsling, grasdekte vannveier i forsenkninger, og ‘ingen jordarbeiding om høsten’ vil derfor være viktige tiltak for å redusere fosfortilførslene til elva fra jordbruksarealene. Høye konsentrasjoner av E. coli i elva i dag indikerer at avløp eller husdyrgjødsel bidrar til næringsstoffavrenningen og det er behov for tiltak for reduserte utslipp fra disse kildene. Miljøovervåkingen av Mjøsa, samt algeoppblomstringen i 2019, indikerer at innsjøen ikke tåler særlig større næringsstoffbelastning. Opprettholdelse av god vannkvalitet i Mjøsa er avhengig av målrettede tiltak i de ulike vassdragene som har utløp i Mjøsa. Dette faktaarket omhandler årsaksforhold, kilder og tiltak for redusert fosforavrenning fra nedbørfeltet til Flagstadelva, som renner ut i Åkersvika ved Hamar.