Svarteelva har vært betydelig påvirket av både avløp, husdyrhold og arealavrenning fra jordbruket. Over tid har vannkvaliteten blitt bedre, og i hovedelva og sideelva Fura er den økologiske tilstanden med hensyn til eutrofiering stort sett god. Lokalt i elva oppnås likevel ikke god økologisk tilstand. I sideelva Nordre Starelva er f.eks. den økologiske tilstanden dårlig til moderat. Beregninger for 2016 viser at hovedkildene til de menneskeskapte tilførslene av fosfor til vann er avløp og jordbruk. Avløp er den største kilden til biotilgjengelig fosfor. Fortsatt opprydding i spredt avløp er derfor det viktigste tiltaket for å bedre vannkvaliteten i elva. Over de siste 20 årene har det skjedd endringer i jordbruket som kan ha påvirket vannkvaliteten i elva og tilførslene til Mjøsa. Husdyrtettheten har økt og det har vært en halvering i areal med overvintring i stubb. Dessuten er fosforstatus i jordbruksjorda høy. Dette medfører økt risiko for fosforavrenning. Redusert fosforgjødsling, grasdekte vannveier i forsenkninger, og ‘ingen jordarbeiding om høsten’ vil derfor være viktige tiltak for å redusere fosfortilførslene til elva fra jordbruksarealene. Høye konsentrasjoner av E. coli i elva indikerer at avløp eller husdyrgjødsel bidrar til næringsstoffavrenningen og tiltak for disse kildene bør prioriteres. Miljøovervåkingen av Mjøsa, samt algeoppblomstringen i 2019, indikerer at innsjøen ikke tåler særlig større næringsstoffbelastning. Dette faktaarket omhandler årsaksforhold, kilder og tiltak for redusert fosforavrenning fra nedbørfeltet til Svartelva.