Håelva er et nasjonalt laksevassdrag og også en viktig lokalitet for elvemusling. Vassdraget drenerer et av de mest intensive jordbruksområdene i Norge, og avrenning av næringsstoffer og finsedimenter vurderes som de største trusler for miljøtilstanden i vassdraget. Våren 2016 ble det utført en kartlegging av habitatforholdene for laks og sjøaure i vassdraget. Hensikten var å beskrive gyte- og oppvekstforhold, identifisere mulige flaskehalser for fiskeproduksjonen i vassdraget, samt å foreslå eventuelle tiltak for å styrke den naturlige rekrutteringen av laks og sjøaure.