Lakselusa er den største utfordringen lakseoppdrettsnæringen står ovenfor i Norge. I dag er det mer bevissthet og flere tiltak rundt fiskehelse og fiskevelferd, og det har blitt flere forbyggende behandling mot lakselus. Et av de forbyggende tiltakene er å tilsette komponenter i fôret som skal gjøre laksen bedre rustet til å motstå påslag av lakselus. Forebyggende tiltak er med på å heve fiskevelferden ved at det blir mindre håndtering og stressende situasjoner siden at laksen må avluses sjeldnere. Det finnes veldig få, nærmest ingen studier på om hvordan bakteriesammensetningen i lakseskinn mucuset påvirkes av lusepåslag og behandling. I denne oppgaven ble et funksjonelt fôr testet for om det påvirker sammensetningen av skinnmikrobiotaen og mengden av bakterier i skinnmucuset, sammenlignet med et kontroll-fôr. Det ble tatt prøver av skinnslimet både før og etter påslag av lakselus, samt av vann fra hver fisketank. Sammensetningen av de mikrobielle samfunnene ble undersøkt med ved hjelp av DGGE-analyser og Illuminasekvensering av PCR-produkt som representerte de variable regionene V3 og V4 i det bakterielle 16S rRNA genet. Mengden bakterier ble estimert ved å bestemme antall kopier av 16S rDNA ved hjelp av qPCR. Fiskeeksperimentet ble utført ved NTNU SeaLab i deres fiskelaboratorium i sammenheng med forskningsprogrammet «Taskforce Salmon Lice». Det ble ikke observert noe mindre påslag av lus med bruk av det funksjonelle fôret, 4 uker etter lusesmitte. Mengden slim ble observert å være høyere for fisk som hadde fått det funksjonelle fôret, men det var ikke en signifikant forskjell. Sammensetningen av de mikrobielle samfunnene i skinnslimet var forskjellige for fisk som hadde fått funksjonelt fôr og kontroll-fôr. I skinnslimet til fisken som hadde fått kontrollfôret var det bakterieklassen gamma-proteobakterie som hadde høyest forekomst, og slekten Oleispira skilte seg ut som typisk for kontrollgruppa og vannprøvene ved DGGE analysen. Bakterieklassen Bacilli ble funnet nesten utelukkende i skinnet til laks som hadde fått funksjonelt fôr. Slektene Streptococcus og Staphylococcus, som hører til Bacilli bidro mest til ulikhetene i skinnmikrobiotaen mellom de to fôrgruppene. Mengden av bakterier per cm2 ble også estimert, og det var et signifikant høyere antall kopier av 16S rDNA i skinnslimet til laksen som hadde fått det funksjonelle fôret. Det er tydelig at det funksjonelle fôret påvirker både sammensetning av de mikrobielle samfunnene og mengden bakterier i skinnslimet.