Overvåkingsprogrammet for sykdommene bonamiose og marteiliose i flatøsters og blåskjell utføres av Havforskningsinstituttet på oppdrag fra Mattilsynet. Det ble hentet skjell fra fire ville bestander og ett østersanlegg, basert på utbredelsen av ville skjell og strukturen i østersnæringen. Prøver ble samlet inn i April/Mai og i Oktober, som er de periodene hvor prevalensen av parasittene Bonamia sp. og Marteilia sp. er høyest i smittede bestander. Det ble ikke observert unormal dødelighet verken vår eller høst. Bonamia ostreae / B. exitiosa ble ikke påvist. Det er kommet inn en rekke rapporter om at blåskjell «forsvinner» mange steder langs kysten. Årsakene til dette er ikke kjent. Parasitten Marteilia sp. ble imidlertid for første gang påvist I blåskjell, Mytilus edulis, på Bømlo i 2016. Denne påvisningen er fulgt opp med en utvidet prøvetaking i HI-prosjekt Blåskjelldødelighet (83737-04) i 2017. Det er gjort prøvetaking av blåskjell hver tredje måned og samlet inn fauna fra funnstedet og blåskjell fra områder i nærheten. Østers fra funnstedet ser ikke ut til å bli smittet av Marteilia sp. Genetiske studier av Marteilia spp. Fra England, Sverige og Norge (Bømlo) er inkludert i en studie som er gjort i EU-prosjektet VIVALDI. Marteilia sp. fra disse områdene er ulik Marteilia refringens som forårsaker sykdom hos flatøsters og er foreslått gitt navnet Marteilia pararefringens. Det ser således ut til at Marteilia refringens og Marteilia pararefringens sp. nov. er ulike arter med ulike vertsarter (hhv østers og blåskjell). Studiene videreføres i 2018, som en kombinasjon av overvåkingsprogrammet og forskningsprosjektet.