Vannkjemien i innsjøer i Hardangervidda nasjonalpark viser stor variasjonsbredde fra ionefattige vann som er svært forsuringsfølsomme til vann med noe høyere ionsestyrke som er mindre følsomme for forsuring. Den store variasjonen i ionestyrke og vannkjemi reflekterer i stor grad variasjonen i bergartstyper på Hardangervidda. Tålegrenser for tilførsler av syre til overflatevann i Hardangervidda nasjonalpark viser derfor også stor variasjon. Vannene med de laveste tålegrensene ligger i hovedsakelig i sørøstlige og sørvestlige deler av vidda. Overskridelse av tålegrenser er størst i de sørvestlige delene av nasjonalparken, men også i noen områder i østlige deler og noen små felt i grensen av nasjonalparken mot Sørfjorden er tålegrensene overskredet. Når svovelutslippene er redusert i henhold til 2. svovelprotokoll (Oslo-protokollen, 1994) i år 2010 er det bare små områder i sørvestlige deler av nasjonalparken der tålegrensene overskredet i 8% av Hardangervidda nasjonalpark, mens det er forventet at i år 2010 vil tålegrensene være overskredet i bare 3% av parken.

Direktoratet for naturforvaltning (DN)