O crime organizado transnacional, como tipologia criminal que não se limita a um só território e envolve múltiplos intervenientes e diversas formas de atuação, colige diversas questões que vão desde o direito penal substancial, ao processual e, por fim, ao da execução das penas. Um Estado de Direito que se paute por princípios da liberdade, da segurança e justiça, deve reajustar-se, redesenhar-se e ressurgir face a uma ameaça de uma criminalidade líquida, muitas vezes invisível e, quase sempre, imprevisível. Se a fenomenologia do crime se encontra em permanente evolução fruto dos avanços históricos, sociais, económicos e tecnológicos mais recentes, também a pena se vai modelando face à constante flutuação dessa mesma fenomenologia. Deste modo, a plurilocalização dos diversos acontecimentos criminais, dotados de transnacionalidade, e a correspondente danosidade que os mesmos provocam no espaço executivo penal fazem recrudescer o entendimento de que a punição em sentido formal e em sentido material se encontram desencontradas, o que concorre diretamente para o esboroamento da própria função do direito penal. A construção de uma teoria da pena dentro das novas morfologias do crime obriga a uma análise estratificada não só do ponto de vista constitucional, enquanto referente valorativo do Estado de Direito, como ainda do ponto de vista infra-legal da norma penal, ao nível da adequação das molduras penais às tipologias criminais. O que não pode nem deve excluir nesta sede o momento seguinte: o da execução das penas. Apesar de o debate acerca do crime organizado ter conquistado espaço na ciência jurídico-penal, naquilo que conhecemos como a ciência conjunta do direito penal, a verdade é que ainda encontramos espaços em que é premente a busca por uma remodelação do sistema, sobretudo no âmbito da pena e da sua execução.