“Entendiendo las Ciencias con Mapas Conceptuales” es un proyecto que buscó desarrollar un esquema metodológico que permitiera representar el saber de expertos en el área de ciencias, utilizando la metodología para representación del conocimiento CommomKADS y la herramienta computacional CMapTools para soportar la construcción digital de mapas conceptuales, con el fin de construir un sistema de conocimiento como apoyo a los procesos de aprendizaje de las ciencias, en los niveles de la educación básica, media y superior.El desarrollo de este proyecto de investigación, se enmarca en un convenio de cooperación establecido entre la Universidad EAFIT – Línea I+D en Informática Educativa y el Institute for Human and Machine Cognition (IHMC) de la Universidad de West Florida, a través del cual fue posible la vinculación de expertos como Joseph Novak, Alberto Cañas y Carmen Collado al desarrollo del proyecto y de algunos mapas conceptuales en temas específicos. Como resultado de la interacción entre los grupos de investigación de EAFIT y del IHMC, y el proceso conjunto de indagación, se desarrolló un Sistema de Conocimiento en Ciencias, el cual contiene una primera colección de mapas conceptuales y una propuesta de atlas para la indexación de contenidos, los cuales se encuentran almacenados en un servidor Web, residente en la Universidad EAFIT y partir del cual se establecen unas primeras respuestas a las preguntas de investigación planteadas para el proyecto.