La Universidad de Costa Rica en Tránsito es un artículo que pretende dar cuenta del tránsito que ha iniciado la institución en su camino hacia la transdisciplinariedad. Se presenta, en primera instancia, un contexto histórico y referentes teóricos que apuntan a que la Universidad en el Siglo XXI debe iniciar un tránsito, por una parte, de regreso a reflejar el significado de su origen: UNIVERSUS-A-UM (“todo”, “entero”, “universal”) superando fragmentaciones y departamentalizaciones y, por otro, hacia una visión transdisciplinar, un pensamiento complejo en sintonía con las realidades biológicas, sociales y culturales del mundo en el siglo XXI. Y, ya que la transdisciplinariedad no se puede llevar a cabo más que en la acción y en la interacción con otros, se reporta sobre una serie de estrategias interconectadas que se están promoviendo Universidad de Costa Rica para ayudar a la institución a iniciar ese tránsito. University of Costa Rica in Transit is an article that reports on the journey the institution has started on its path towards transdisciplinarity. On one way, back to the origen: universus (all, whole, universal), overcoming fragmentation and departamentalization. On the other towards a transdisciplinary vision and complex thinking in accordance with the new biological, social and cultural realities of our world. Interactive and interrelated strategies that are currently beeing promoted to stimulate the institution towards transdisciplinarity are reported here. It is important to remember that transdisciplinarity can only be reflected in action, and in the interaction with others.