Esta revisión describe los mecanismos, microorganismos y metabolitos que desempeñan funciones indispensables para el correcto desarrollo y modulación del sistema inmunológico de manera local y sistémica, desde el nacimiento hasta la etapa adulta. La influencia del microbioma en la inmunidad del ser humano se da mediante la interacción de las bacterias que colonizan el intestino y los metabolitos producidos con diferentes componentes del sistema inmunológico. Por lo tanto, el microbioma intestinal, como ecosistema y elemento clave en la salud humana, posee un papel esencial en la inmunidad del ser humano. La integridad del microbioma, así como su capacidad de realizar una función inmunomoduladora, se puede alterar en diferentes niveles y por diferentes factores. El uso de antibióticos se presenta como un disruptor del equilibrio y la diversidad microbiana. Se describen los efectos de estos fármacos en la inmunidad del huésped y cómo pueden causar respuestas inmunitarias deficientes. A su vez, se explora cómo el consumo de diferentes cepas probióticas favorece el desempeño del sistema inmunológico, y la posibilidad de mitigar o prevenir las consecuencias de la disbiosis intestinal en la inmunidad del ser humano. El tracto respiratorio inferior ya no se considera como un sitio anatómico estéril. En cambio, se han detallado las poblaciones microbianas que se encuentran colonizando este órgano, consolidando un ecosistema que favorece la salud del huésped, la predisposición a infecciones y su desenlace. Se describe cómo el microbioma intestinal y el microbioma respiratorio se encuentran en estrecha comunicación, formando el denominado “eje intestino pulmón”, y en el cual, la interrupción del balance de alguno de estos ecosistemas puede desencadenar deficiencias en el desarrollo de la respuesta inmunológica, aumentando las probabilidades de desarrollar diferentes infecciones pulmonares.

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