La enfermedad celiaca (EC) es una enteropatía autoinmune causada por la ingestión de gluten en pacientes genéticamente predispuestos. La digestión parcial de las proteínas que forman el gluten genera los péptidos responsables de la reacción autoinmune contra las células de la pared intestinal generando la enfermedad celiaca. En las últimas décadas, ha habido un aumento en la incidencia de la EC, llegando a afectar al 1,4% de la población mundial. La predisposición a padecer EC viene dada por el genotipo del individuo, el 30-40% de la población presenta un genotipo susceptible. Sin embargo, sólo un pequeño porcentaje de los individuos llegan a desarrollar EC, esto indica que existen otros factores responsables del desarrollo de la enfermedad. Aunque aún se desconoce el mecanismo por el cual se produce la pérdida de tolerancia oral al gluten, se ha probado la implicación de cambios en los hábitos alimenticios y de la microbiota intestinal. El tratamiento utilizado para combatir a la EC es la dieta libre de gluten (DLG). Pero la eliminación total del gluten tiene muchos inconvenientes, por lo que se están buscando terapias alternativas. La comprensión de cómo se desencadena la EC y la relación con la microbiota tiene gran interés para prevenir la enfermedad y encontrar tratamientos eficaces que mejoren la calidad de vida de los pacientes.