La enfermedad de Chagas, también llamada Tripanosomiasis Americana, es una enfermedad potencialmente mortal causada por el parásito protozoo Trypanosoma cruzi, es endémica de América Latina y transmitida, principalmente, por vectores hemípteros de la subfamilia Triatominae adaptados a los hábitats doméstico y peridoméstico. Puesto que el parásito se mantiene en un ciclo zoonótico silvestre y es imposible de eliminar, la única forma de luchar contra la transmisión vectorial consiste en la eliminación de las poblaciones domiciliadas del vector. Los estudios moleculares constituyen una herramienta de gran utilidad a la hora de planificar las campañas de control vectorial, puesto que permiten conocer y comprender la estructura poblacional y los procesos de dispersión y adaptación de estos insectos, los cuales presentan una amplia distribución en las diferentes zonas de América. Entre los principales países endémicos para esta parasitosis, se encuentra Brasil, donde están presentes 10 de los 15 géneros de vectores triatominos conocidos, y que, hasta el momento, 65 de las 148 especies descritas actualmente han sido encontradas en este país. La presente Tesis Doctoral tiene como principal objetivo la realización de un haplotipaje molecular multigénico de los principales vectores de la enfermedad de Chagas en Brasil (de los géneros Triatoma, Panstrongylus y Rhodnius) para contribuir a la vigilancia epidemiológica y al monitoramiento de la expansión geográfica de los triatominos, así como su proceso de domiciliación y transmisión de la enfermedad. En este estudio se han caracterizado a nivel molecular 18 especies procedentes de 36 poblaciones de 9 Estados brasileños y 2 países limítrofes (Perú y Venezuela), mediante la secuenciación y análisis de los marcadores moleculares del ADN ribosomal nuclear (región intergénica completa: ITS-1, 5.8S e ITS- 2) y del ADN mitocondrial (16S, ND1, CO1 y CytB). Los resultados obtenidos han proporcionado: 30 haplotipos de la región intergénica completa (22 de éstos obtenidos por primera vez); 33 haplotipos nuevos del gen 16S; 29 haplotipos nucleotídicos (27 de éstos obtenidos por primera vez) y 26 haplotipos aminoacídicos (24 de éstos obtenidos por primera vez) del gen ND1 completo; 28 haplotipos nucleotídicos nuevos y 21 haplotipos aminoacídicos nuevos del gen CO1; y 30 haplotipos nucleotídicos (28 de éstos obtenidos por primera vez) y 28 haplotipos aminoacídicos (26 de éstos obtenidos por primera vez) del gen CytB. Esta combinación de marcadores ribosomales y mitocondriales ha permitido detectar la mayor variabilidad genética posible entre las diferentes especies analizadas. Además, se han llevado a cabo los análisis filogenéticos y de distancias genéticas, lo que ha permitido confirmar la posición taxonómica de las diferentes especies analizadas, con especial atención a los miembros del complejo T. brasiliensis (T. brasiliensis, T. juazeirensis, T. melanica, T. sherlocki, T. lenti y T. petrocchiae), y la posición de la especie T. tibiamaculata, que aparece compartiendo clado con las especies del género Panstrongylus. El análisis multigénico llevado a cabo en el presente estudio, ha aportado información fundamental para la identificación de las distintas especies de triatominos de la enfermedad de Chagas, y diferenciación entre especies crípticas. Estos resultados permiten, además, identificar el origen de los insectos en nuevas colonizaciones y reinvasiones domiciliares, así como los posibles cambios adaptativos para las resistencias a los insecticidas, lo que constituye una información clave para la correcta planificación de las acciones de control vectorial.