En este trabajo se evalúa la influencia de la materia orgánica disuelta (DOM) en la determinación del sistema de carbono inorgánico en agua intersticial de sedimentos costeros y estuarinos. El estudio se llevó a cabo en dos sistemas del sur de la península ibérica: el caño mareal del Río San Pedro y el estuario del río Barbate. Para la cuantificación de la alcalinidad orgánica (AORG) se desarrolló una metodología basada en tres valoraciones potenciométricas consecutivas, adaptada a los volúmenes reducidos de agua intersticial disponibles. Esta aproximación permitió diferenciar la fracción inorgánica de la alcalinidad total (AT) así como estimar la contribución de compuestos orgánicos protonables. Los resultados muestran que la AORG constituye una fracción significativa de la AT en agua intersticial, con valores comprendidos entre 268 y 648 μmol kg⁻¹ en el estuario del Barbate y entre 310 y 1623 μmol kg⁻¹ en el Río San Pedro. Estos valores representan contribuciones medias del 12,3 ± 5,1 % y 23,2 ± 24,5 %, respectivamente, superiores a las observadas en la columna de agua de los mismos sistemas. Se observó una cierta correlación lineal entre la AORG y el carbono orgánico disuelto (DOC), particularmente en el Río San Pedro, donde las relaciones lineales alcanzaron coeficientes de regresión superiores a 0,79. Sin embargo, en el Barbate esta dependencia no está bien establecida. El análisis de la materia orgánica fluorescente identificó cuatro fluoróforos principales (uno proteico tipo tirosina y tres húmicos) cuya distribución vertical explicó gran parte de la variabilidad en AORG. En ambos sistemas, los compuestos proteicos dominan en la superficie, mientras que las sustancias húmicas aumentan con la profundidad, reflejando procesos diagenéticos de degradación de materia orgánica. Estos resultados ponen de manifiesto que la influencia de la DOM sobre AT es considerable en el agua intersticial y que la corrección de AT sustrayendo la fracción orgánica es importante para mejorar la estimación de los flujos de carbono entre el sedimento y la columna de agua.