El presente estudio se enfoca en la bioprospección de microalgas nativas con potencial biotecnológico para la acuicultura colombiana, con especial énfasis en la cepa Chaetoceros muelleri CENIAT #1, seleccionada como modelo tecnológico para validar su potencial como recurso alimenticio. Los objetivos específicos del estudio incluyeron: (1) aislar microalgas nativas de la Ciénaga Grande de Santa Marta (CGSM) bajo condiciones controladas de laboratorio; (2) clasificar taxonómicamente las microalgas utilizando claves taxonómicas clásicas, entre otros recursos; (3) seleccionar las especies de microalgas con mayor potencial tecnológico para la acuicultura apoyados en la práctica de laboratorio y el análisis de la literatura; y (4) caracterizar tecnológicamente C muelleri CENIAT #1 a través de la evaluación de su perfil nutricional y su desempeño como partícula alimenticia para zooplancton. Se aislaron cinco morfotipos pertenecientes a las clases Bacillariophyceae, Chlorophyceae, Trebouxiophyceae, y Chlorodendrophyceae, obteniendo cultivos monoalgales no axénicos. En cuanto al crecimiento de C. muelleri, se determinó que la temperatura de 24°C favorece su rendimiento en comparación con 27°C, y se observaron pequeñas variaciones bajo diferentes concentraciones de salinidad. La comparación entre medios de cultivo mostró que el medio NPK-15 favoreció un mayor contenido nutricional, mientras que el medio F permitió mayores densidades celulares. El perfil bioquímico y de ácidos grasos evidenció cambios dinámicos durante el cultivo, destacando la necesidad de optimizar las condiciones para obtener un perfil nutricional más adecuado. Finalmente, C. muelleri fue evaluada como alimento vivo en el cultivo de Acartia tonsa y Litopenaeus vannamei, demostrando ventajas y desventajas como complemento alimenticio viable en la cría multiespecie, con efectos positivos en los parámetros de calidad larvaria de L vannamei. Estos hallazgos sugieren que C. muelleri CENIAT #1 puede ser una opción valiosa para la acuicultura sostenible en Colombia.